Nottonville se trouve dans la Beauce dunoise, non loin du Perche, à 15 km de Châteaudun. Son terroir présente l'un des plus surprenants paysages ruraux de la région. Au contraire de la plupart des villages beaucerons «dépourvus de cet entourage d'arbres et de jardins où s'épanouit le village picard», les centres d'habitat du terroir de Nottonville ne sont jamais éloignés de taillis et de bois. La rivière de Conie (fig. 1), ses affluents et ses marais, ses vallées sèches, sont envahis d'une végétation exhubérante et riche. Le roseau ordinaire, désigné «rouche» et utilisé au Moyen Âge pour couvrir les toits, côtoie un roseau rare, appelé «quenouille matelas», dont les poils et les duvets de ses fleurs, ou quenouilles, servaient à garnir la literie des paysans. Les grosses talles ou «vessins», formées de racines enchevêtrées en amas proéminents, se développent aussi à proximité de délicates orchidées. Les bois sont partout présents dans cette vallée qui traverse les terres à blé.

Le site de L'Abbaye du Bois est établi sur le plateau, sur un tertre en partie artificiel, de type butte-témoin, et en lisière de forêt (fig. 12). Située à 1,5 km de la vallée de la Conie où se trouve certainement l'habitat primitif (Le Bourg), L'Abbaye du Bois est associée à un village-rue, nommé Le Bois, en direction de la grande voie antique de Chartres à Blois. Cette dernière traversait la Conie à l'endroit d'un gué situé à quelques centaines de mètres du Bourg de Nottonville, et rejoignait, à Varize, la voie d'Allaines-Châteaudun.

Succédant à une curtis d'époque carolingienne (IXe-Xe siècles) établie à 400 m d'une villa gallo-romaine, un ensemble fortifié de terre et de bois (fin Xe-XIe siècle) est remplacé dans le courant du XIe siècle par une tour résidentielle accostée d'un logis rectangulaire de type hall. Les moines de l'abbaye de Marmoutier, qui ont reçu d'importantes donations dès 1073 (notamment la villa de Nottonville), ont implanté un prieuré (appelé domus au XIe siècle) à l'intérieur, ou à proximité, de ce complexe castral de première importance militaire et politique, complexe qui est resté sous la domination des vicomtes de Chartres jusqu'au début du XIIe siècle.

Aujourd'hui, la commune ne dépasse pas les 300 habitants. Elle n'a plus grand-chose de la châtellenie de la fin du Moyen Âge ou du prieuré du XIIe siècle, ni même de la villa du Xe siècle classée par les scribes de Marmoutier comme siège des épreuves judiciaires et comme chef-lieu de toute la région environnante. Les discrets et méconnus souvenirs de ce passé façonnent un paysage profondément humanisé. Le lieu-dit L'Abbaye, décrit comme «un grand vaisseau de pierre».